Najstarsza nekropolia Zakopanego, założona ok. 1850 staraniem ks. Józefa Stolarczyka w pobliżu pierwszego kościoła. Przedtem chowano zakopiańczyków na cmentarzach Chochołowa i Poronina. W pierwszych latach XIX w., po wybudowaniu tzw. kapliczki Gąsieniców, w jej pobliżu sporadycznie chowano zmarłych, m.in. zgodnie z jego testamentem fundatora kapliczki Pawła Gąsienica.
Stary Cmentarz - wg powszechnej opinii - powstał na położonym nad stromym brzegiem potoku (na "brzyzku") gruncie, ofiarowanym na ten cel przez Jana Pęksę, stąd popularna nazwa - "Pęksowy Brzyzek". W 1889 pochowano tu dra Tytusa Chałubińskiego, co dało początek nowemu okresowi w historii cmentarza, który przestał być zwyczajnym cmentarzem wiejskim, a stał się niebawem jedną z najważniejszych nekropoli polskich. Chowano na nim miejscowych górali, taterników, ludzi kultury, zmarłych pod Giewontem gruźlików. W 1931 r. wojewoda krakowski uznał Stary Cmentarz za zabytek kultury i od tej pory wojewódzki konserwator zabytków wyraża każdorazowo zgodę na pochówek. Większość nowo chowanych tu zmarłych to osoby zasłużone dla Zakopanego i Polski, stad też często nazywa się Stary Cmentarz Cmentarzem Zasłużonych.
W okresie okupacji powierzchnię cmentarza zmniejszono o przeszło jedną czwartą, przeprowadzając przez wschodnią część obszaru, przylegającą do potoku, drogę do dolnej stacji kolejki na Gubałówkę. Groby z tego terenu ekshumowano i przeniesiono w inne części cmentarza.
Obecnie na Starym Cmentarzu znajduje się ok. 320 grobów, a wśród nich m.in. mogiły Józefa Stolarczyka, rodziny Pawlikowskich, Tytusa Chałubińskiego, Jana Krzeptowskiego Sabały, Stanisława Witkiewicza, Władysława Orkana, Kazimierza Tetmajera, Włodzimierza Wnuka, Antoniego Kenara, Józefa Kapeniaka, Antoniego Rząsy, Karola Stryjeńskiego, Kazimierza Dłuskiego, Macieja Sieczki, Józefa Krzeptowskiego, Jędrzeja Wali, Tadeusza Bocheńskiego, Józefa Fedorowicza, Jana Długosza, Tomasza Gluzińskiego, Jana Pasierba-Orlanda, Adama Pacha, Kornela Makuszyńskiego, Mariana Raciborskiego, Karola Kłosowskiego, Stanisława Nędzy-Kubińca, Heleny Marusarzówny, Stefana, Tadeusza i Zofii Zwolińskich, a także symboliczne mogiły m.in. Mariusza Zaruskiego, Bronisława Czecha, Stanisława Ignacego Witkiewicza.
Opiekę nad Starym Cmentarzem sprawują parafia świętej Rodziny i Urząd Miejski w Zakopanem. Konserwacją zabytków zajmuje się Towarzystwo Opieki nad Zabytkami, we współpracy z Muzeum Tatrzańskim i Technikum Budownictwa Regionalnego w Zakopanem.